\documentclass[11pt]{xepersian-thesis}
\usepackage{graphicx}
% سایر بسته‌های مورد نیاز

\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{XB Zar}
%\setlatintextfont[Scale=.9]{Linux Libertine}
\setdigitfont{XB Niloofar}

\makeindex
\input{YourNewCommands}  %تعاریف مورد استفاده شما

\begin{document}% و فرمان \end انتهایی را داشته باشد.

\include{persian_cover_page}                   % صفحه اول فارسی 
\include{advisors}            %  تاییدیه هیات داوران
\include{ethic_note}        % تاییدیه اصالت اثر
\include{permissions}     %  نوع اجازه نشر
\include{persian_abstract}

\tableofcontents        % فهرست مندرجات را تولید می‌کند.
\listoffigures          % لیست اشکال را تولید می‌کند.
\listoftables

\include{intro}                   % فصل ۱: مقدمه
\include{history}				%فصل دوم: تاریخچه
\appendix                           %فصلهای پس از این قسمت به عنوان ضمیمه خواهند آمد.
\include{dicE2F}        % واژه‌نامه فارسی به انگلیسی
\include{dicF2E}        % واژه‌نامه انگلیسی به فارسی

\bibliographystyle{ieeetr-fa}
\bibliography{ReferencesFile}

\include{latin_abstract_and_cover_page}                   % عنوان و چکیده انگلیسی

\printindex

\end{document}

